После возвращения эскадры в Порт-Артур П.П. Ухтомский вместо экстренных ремонтных работ и восстановления артиллерии чуть ли не с первого дня начал с готовностью отдавать на сухопутный фронт корабельные пушки. Е.И. Алексеев добился его немедленного смещения, но вновь проявил фатальную неспособность разбираться в людях, назначив начальником Отдельного отряда броненосцев и крейсеров (как теперь стала именоваться бывшая эскадра) капитана 1 ранга Р.Н. Вирена.
Р.Н. Вирен продолжил дело своих предшественников. Подобно князю Ухтомскому, который еще на совещании 6 августа обосновал неизбежность разоружения флота, Р.Н. Вирен уже через неделю после вступления в командование (свои полномочия П.П. Ухтомский передал ему 24 августа 1904 года) убедительно доказывал, что ни прорваться, ни победить руководимый им отряд не может.
Вслед за орудиями, их прислугой и боеприпасами с кораблей начали отправлять на берег десантные отряды. Каждый броненосец формировал по одной роте из 115—220 человек с одним или двумя офицерами. В начале августа с кораблей ушли 1246 матросов и 15 офицеров, составившие 4-й и 5-й морские десантные батальоны.
Самоотверженной работой под огнем японской осадной артиллерии рабочие порта уже спустя неделю после возвращения эскадры сумели устранить главнейшие повреждения кораблей, лишний раз опровергнув картину, изображенную в донесении Р.Н.Вирена от 2 сентября 1904 года.
Успешно продолжались и ремонтные работы второй очереди, исправлялись также повреждения, которые наносили редкие пока попадания осадной артиллерии. Рабочим порта и отряда Балтийского завода (во главе с корабельным инженером Н.Н. Кутейниковым) помогали матросы экипажей кораблей. По проекту инженер-механика «Пересвета» П.Н. Тихобаева переоборудовалась одна из старых подводных лодок конструкции С.К. Джевецкого, командиром которой был назначен мичман Б.П. Дудоров.
Однако экипажи продолжали таять. После начала августовских штурмов с кораблей взяли еще по 100 человек, а затем для пополнения огромных потерь при обороне горы Высокой — еще по несколько десятков человек «дополнительного резерва». Все больше офицеров-специалистов оседало на берегу. Лейтенант броненосца «Пересвет» Н.Ф. Винк получил в командование китайскую 240-мм пушку, старший артиллерист «Победы» лейтенант В.А. Любинский - одно из 254-мм орудий батареи Электрического Утеса; снаряды для этого орудия также доставили с броненосца.
Еще приказом П.П.Ухтомского от 7 августа 1904 года все батареи с морскими командами для оперативности управления и снабжения были разделены на сектора, каждый из которых поручался одному из кораблей I ранга. «Пересвет» обслуживал батареи форта № V, Голубиную, Триангуляционную и Литер Д, «Победа» — пять батарей.
Не прекращалась и перекидная стрельба с корректировкой по телефону. «Пересвет» и «Победа» стреляли редко — их дефицитные 254-мм снаряды берегли для батареи Электрического Утеса. Свои последние семь выстрелов «Пересвет» сделал 13 ноября по блиндажам противника на Кумирненском редуте.
18 сентября японские войска произвели первый обстрел крепости и порта из осадных 280-мм мортир. Ни порт-артурские укрепления, ни, тем более, корабли с их 76—82-мм броневыми палубами не были рассчитаны на навесные попадания снарядов такого калибра. Остатки порт-артурской эскадры были обречены на уничтожение.
Однако никаких сведений о попытках сформировать отряд прорыва не имеется. Известно лишь, что в готовности к выходу до последних дней обороны находился полностью восстановленный крейсер «Баян». Остальные корабли, прижавшиеся к берегу под склоном Перепелиной горы, покорно ожидали неминуемых попаданий.
31 октября 1904 года на заседании, в котором приняли участие три контр-адмирала - Р.Н. Вирен, И.К. Григорович, М.Ф. Лощинский, была подтверждена решимость помогать крепости «всеми средствами» и отстаивать ее «до последнего снаряда и человека». Из этого делался вывод о том, что в случае падения крепости даже неповрежденные корабли не смогут уйти из-за отсутствия на них экипажей. Иного решения адмиралы не видели.
Генералы А.М.Стессель (в центре), К.Н.Смирнов и полковник В.А.Рейс на порт-артурских позициях
Эскадренный броненосец «Пересвет», затопленный в порт-артурской гавани
К этому времени только на обороне горы Высокой, ставшей жизненным центром всей крепости, морские команды потеряли убитыми 371 и раненными 1033 человека. Особенно большие потери понесла прибывшая 15 ноября, в числе последних резервов, десантная рота «Победы», из состава которой вместе со многими матросами погибли и оба ее офицера: мичманы А.С. Бершадский и Б.А. Флейшер. 18 декабря при отражении штурма на Митрофаньевскую гору погиб мичман С.И. Воронцов-Вельяминов.
Повреждения кормовой оконечности эскадренного броненосца «Пересвет»
Эскадренный броненосец «Победа» на грунте
К вечеру 22 ноября 1904 года, поглотив последние резервы сборных десантных рот флота, прекратилась оборона горы Высокой. Ее захват позволил японцам осуществлять точную корректировку огня 280-мм осадных мортир. В тот же день была потоплена «Полтава», к вечеру следующего — «Ретвизан». Стоявшие вблизи «Пересвет» и «Победа» получили по пять попаданий, пока не нанесших особо серьезных повреждений. Никаких предложений о еще возможном прорыве этих, обладавших из всей эскадры наибольшими шансами на успех (в силу повышенной скорости, мореходности и автономности), кораблей со стороны их командиров не последовало.
Повреждения спардека эскадренного броненосца «Победа»
Порт-Артур. Панорама Восточного бассейна с затопленными русскими кораблями
24 ноября 1904 года японская артиллерия начала их обстрел. За день в «Пересвет» попало до 20 снарядов калибром 280 мм. При десятом попадании командир, чтобы остановить расстрел, приказал открыть кингстоны. Однако обстрел продолжался, и еще десять попаданий не оставили никаких надежд на скорое восстановление корабля.
В «Победу» попало 23 из 270 выпущенных по броненосцу снарядов, семь из них взорвались в подводной части корпуса. Крен на правый борт, достигший к вечеру 35°, пришлось выравнивать, затопив ряд отсеков и левое машинное отделение. С креном в 11° корабль всем днищем сел на грунт. Вода на правом борту дошла до верхней палубы.
Лишь один из минных катеров «Победы» под командой мичмана С.Н. Власьева перед самой сдачей крепости сумел прорвать японскую блокаду и уйти в Чифу.
